Fiche de DAVID Laurent

Informations professionnelles


Statut: Docteur ED
ED: EDITE
Unité de recherche: LCQB
Employeur: Sorbonne Université


Date de debut de thèse: 15 novembre 2017
Date soutenance de thèse: 13 décembre 2021
Directeur de thèse: Hugues RICHARD (LCQB)
Directrice de thèse: Alessandra CARBONE (LCQB)
Sujet de thèse: Development of deep-learning approaches to discover metabolic interaction networks of environmental microbial communities from large metagenomic datasets, domain co-occurrence and protein coevolution
Date de prévisionnelle de soutenance: 13 décembre 2021

Soutenance de thèse

Données générales

Titre : Development of deep-learning approaches to discover metabolic interaction networks of environmental microbial communities from large metagenomic datasets, domain co-occurrence and protein coevolution
Date : 13 décembre 2021
Heure: 14:00
Résumé : L’analyse des séquences biologiques est un des principaux domaines de recherche en bioinformatique. En particulier, la prédiction des interactions protéine-protéine est une étape importante dans la construction des réseaux de protéines sous-jacents, et joue un rôle clé dans la compréhension des environnements moléculaires et cellulaires. Les données brutes produites par le séquençage de nouvelle génération consistent en des lectures obtenues à partir de fragments extraits d’un échantillon métagénomique. Le premier défi consiste à assembler ces lectures, soit par alignement à des séquences de référence, soit par leur assemblage. Cet assemblage/alignement est généralement suivi par une annotation fonctionnelle des régions codantes prédites pour décrire les activités métaboliq
Lieu : Sorbonne Université Institut de Biologie Paris Seine Bâtiment C, auditorium C7 7-9 Quai Saint Bernard 75005 Paris

Rapporteurs/ Rapporteuses

Personne Qualité Etablissement
Mme. Sacquin-mora Sophie Chargée de recherche (HDR) Laboratoire de Biochimie Théorique
M. Chikhi Rayan Chargé de recherche (HDR) Algorithmes pour les séquences biologiques, Institut Pasteur, CNRS

Composition du jury

Personne Qualité Etablissement
Mme. Carbone Alessandra Professeure des universités Laboratory of Computational and Quantitative Biology, Sorbonne Université
M. Chikhi Rayan Chargé de recherche (HDR) Algorithmes pour les séquences biologiques, Institut Pasteur, CNRS
M. Zucker Jean-daniel Directeur de recherche (HDR) Unité Mixte Internationale de Modélisation Mathématique et Informatique des Systèmes Complexes, Sorbonne Université, IRD
M. Soeding Johannes Directeur de recherche Group of Quantitative and Computational Biology, Max Plank Institute for Biophysical Chemistry (Allemagne)
M. Richard Hugues Maître de Conférences (HDR) Laboratory of Computational and Quantitative Biology, Sorbonne Université
Mme. Sacquin-mora Sophie Chargée de recherche (HDR) Laboratoire de Biochimie Théorique