Fiche de BOTTANI Simona

Informations professionnelles


Statut: Docteur ED
ED: EDITE
Unité de recherche: ICM
Employeur: INRIA


Date de debut de thèse: 1 octobre 2018
Date soutenance de thèse: 1 avril 2022
Directeur de thèse: Olivier COLLIOT (ICM)
Encadrante : Ninon BURGOS (ICM)
Sujet de thèse: Machine learning for differential diagnosis of neurodegenerative diseases from multimodal data
Date de prévisionnelle de soutenance: 1 avril 2021

Soutenance de thèse

Données générales

Titre : Machine learning for neuroimaging using a very large scale clinical datawarehouse
Date : 1 avril 2021
Heure: 14:00
Résumé : Deep learning (DL) models have been widely used for the computer-aided diagnosis (CAD) of neurodegenerative diseases but they have been mostly validated using research data sets. The validation on large clinical data sets is necessary to understand the performance of these tools in a real setting. This PhD work consisted in applying DL algorithms to data from the clinical data warehouse (CDW) of the AP-HP to validate CAD of neurodegenerative diseases. We developed, thanks to the manual annotation, an automatic approach for the quality control of T1-brain MRI from the CDW. Then we proposed to homogenize such large clinical data set by converting images acquired after the injection of gadolinium into non-contrast-enhanced images using DL models. Lastly, we assessed whether DL algorithms could detect dementia in a CDW using T1w brain MRI. We compared the ability of DL algorithms to detect dementia patients in a research data set and in the AP-HP CDW set.
Lieu : ISC - Institut des Systèmes Complexes, Rue Nationale, Paris

Rapporteurs/ Rapporteuses

Personne Qualité Etablissement
M. Lopes Renaud Ingénieur de recherche (HDR) Lille Neurosciences & Cognition, Univ. Lille
M. Barbier Emmanuel Directeur de recherche (HDR) Grenoble Institut des Neurosciences, Univ. Grenoble Alpes, INSERM

Composition du jury

Personne Qualité Etablissement
M. Tannier Xavier Professeur des universités Laboratoire d'Informatique Médicale et d'Ingénierie des Connaissances en e-Santé, Sorbonne Université
M. Colliot Olivier Directeur de recherche (HDR) Institut du Cerveau et de la Moelle épinière, Sorbonne Université, CNRS
Mme. Burgos Ninon Chargée de recherche Institut du Cerveau et de la Moelle épinière, Sorbonne Université, CNRS
Mme. Tijms Betty Maîtresse de Conférences Vrije Universiteit Amsterdam (Pays-Bas)
M. Barbier Emmanuel Directeur de recherche (HDR) Grenoble Institut des Neurosciences, Univ. Grenoble Alpes, INSERM
M. Lopes Renaud Ingénieur de recherche (HDR) Lille Neurosciences & Cognition, Univ. Lille