Informations professionnelles
Statut: Docteur ED
ED: EDITE
Unité de recherche: LCQB
Employeur: Sorbonne Université Date de debut de thèse: 7 octobre 2020 Date soutenance de thèse: 13 septembre 2023 Directeur de thèse: Martin WEIGT (LCQB) Directeur de thèse: Francesco ZAMPONI (LPENS) Sujet de thèse: Data-driven generative modeling of protein sequence landscapes Thématique : Sciences de l’information et sciences du vivant
Employeur: Sorbonne Université Date de debut de thèse: 7 octobre 2020 Date soutenance de thèse: 13 septembre 2023 Directeur de thèse: Martin WEIGT (LCQB) Directeur de thèse: Francesco ZAMPONI (LPENS) Sujet de thèse: Data-driven generative modeling of protein sequence landscapes Thématique : Sciences de l’information et sciences du vivant
Soutenance de thèse
Données générales
Titre : Data-driven generative modeling of protein sequence landscapes and beyond
Date : 13 septembre 2023
Heure: 14:00
Résumé : Proteins play a vital role in numerous biological processes, encompassing a wide range of functions. Consequently, the development of artificial proteins optimized for specific tasks poses a significant challenge in fields such as medicine and industry.
The abundance of data in protein databases makes it a logical choice to use computational methods to understand the complex patterns that are present inside.
In the first part, we will explore generative modeling, and in particular autoregressive models, to sample unseen protein sequences.
Then, we will show how to use these autoregressive models to perform smart MCMC moves in order to sample from complex Boltzmann distributions that are hard-to-sample using regular local MCMC.
Last, we will explore the protein alignment problem, both from the sequence and the structure point of view.
Lieu : 4 Place Jussieu
Rapporteurs/ Rapporteuses
| Personne | Qualité | Etablissement |
|---|---|---|
| M. Cazals Frederic | Directeur de recherche (HDR) | Inria Sophia |
| M. Ricci tersenghi Federico | Professeur des universités | Sapienza - Université de Rome (Italie) |
Composition du jury
| Personne | Qualité | Etablissement |
|---|---|---|
| M. Zamponi Francesco | Directeur de recherche (HDR) | Laboratoire de Physique de l'Ecole Normale Supérieure, CNRS |
| M. Weigt Martin | Professeur des universités | Laboratory of Computational and Quantitative Biology, Sorbonne Université |
| Mme. Jay Flora | Chargée de recherche | Laboratoire d'Informatique |
| Mme. Gabrié Marylou | Maîtresse de Conférences | Centre de Mathématiques Appliquées, Ecole polytechnique |
| M. Cazals Frederic | Directeur de recherche (HDR) | Inria Sophia |
| M. Ricci tersenghi Federico | Professeur des universités | Sapienza - Université de Rome (Italie) |