Fiche de KUBLER Samuel

Informations professionnelles


Statut: Docteur ED
ED: EDITE
Unité de recherche: Institut Pasteur (UMR3691)


Date de debut de thèse: 3 février 2020
Date soutenance de thèse: 24 novembre 2023
Directeur de thèse: Jean-Christophe OLIVO-MARIN (Analyse d'images biologiques)
Directeur de thèse: Thibault LAGACHE (Analyse d'images biologiques)
Sujet de thèse: Statistical methods for the robust extraction of objects’ spatio-temporal relations in bioimaging –Application to the functional analysis of neuronal networks in vivo. Thématique : Sciences de l’information et sciences du vivant



Soutenance de thèse

Données générales

Titre : Statistical methods for the robust extraction of objects’ spatio-temporal relations in bioimaging - Application to the functional analysis of neuronal networks in vivo
Date : 24 novembre 2023
Heure: 14:00
Résumé : Recent advances in fluorescent calcium imaging, genetical engineering and single-particle tracking have allowed to monitor the activity of individual neurons in freely behaving animals. This groundbreaking research helps neuroscientists to understand how groups of neurons work together to encode animal behavior through synchronized activation patterns. To achieve this, we use powerful statistical tools to analyze in vivo neural network data obtained from fluorescent calcium microscopy. However, working with this data is challenging due to noise and the inherent randomness of neural activity. In this thesis, spatial statistics and Bayesian inference are explored to identify specific neurons within synchronized neural groups during various stimuli and behaviors. By providing interpretable biological estimates and free software, this research aims to shed light on how collective properties emerge from extremely varying individual neural signals, that make the neural code still elusive.
Lieu : Institut Pasteur - Amphithéâtre AGNES ULLMANN - Bâtiment Monod 25 rue du docteur Roux 75015 PARIS

Rapporteurs/ Rapporteuses

Personne Qualité Etablissement
M. Reingruber Juergen Chargé de recherche (HDR) Institut de Biologie de l'ENS, ENS
Mme. Tsaneva-atanasova Krasimira Professeure des universités University of Exeter (Royaume-Uni)

Composition du jury

Personne Qualité Etablissement
M. Holcman David Directeur de recherche (HDR) Institut de Biologie de l'ENS, ENS
Mme. Danglot Lydia Chargée de recherche (HDR) Institut Jacques MONOD, INSERM
M. Tourneret Jean-yves Professeur des universités École nationale supérieure d'électrotechnique, d'électronique, d'informatique, d'hydraulique et des, ENSEEIHT
M. Lagache Thibault Chargé de recherche (HDR) Analyse d'images biologiques, Institut Pasteur
M. Olivo-marin Jean-christophe Directeur de recherche (HDR) Analyse d'images biologiques, Institut Pasteur
M. Masson Jean-baptiste Chargé de recherche (HDR) Décision et processus Bayesiens, Institut Pasteur
Mme. Tsaneva-atanasova Krasimira Professeure des universités University of Exeter (Royaume-Uni)
M. Reingruber Juergen Chargé de recherche (HDR) Institut de Biologie de l'ENS, ENS