Informations professionnelles
Statut: Docteur ED
ED: EDITE
Unité de recherche: G5- institut Pasteur
Date de debut de thèse: 7 octobre 2020 Date soutenance de thèse: 30 janvier 2024 Directeur de thèse: Rayan CHIKHI (G5- institut Pasteur) Directeur de thèse: Hugues RICHARD (LCQB) Sujet de thèse: Analyses à large échelle des populations via la détection et l'association de toutes les variations génomiques
Date de debut de thèse: 7 octobre 2020 Date soutenance de thèse: 30 janvier 2024 Directeur de thèse: Rayan CHIKHI (G5- institut Pasteur) Directeur de thèse: Hugues RICHARD (LCQB) Sujet de thèse: Analyses à large échelle des populations via la détection et l'association de toutes les variations génomiques
Soutenance de thèse
Données générales
Titre : Algorithms based on k-mers for ancient oral metagenomics
Date : 30 janvier 2024
Heure: 13:30
Résumé : Dental calculus is one of the richest sources of ancient DNA (aDNA) and it has been used to investigate the evolution of the oral microbiome, as well as human oral health and diet. Despite rigorous laboratory protocols, aDNA samples are highly susceptible to contamination from environmental sources. This dissertation proposes two algorithms that rely on k-mers (sub-sequences of DNA) to address two relevant challenges in the field of palaeometagenomics: contamination assessment via Microbial Source Tracking and contamination removal at the read level. Both methods proposed, decOM and aKmerBroom respectively, were tested on ancient oral metagenomic data, yet their utility can be extended to samples that do not originate from ancient oral sources. Overall, this thesis has proven than k-mer-based algorithms have an immense potential to tackle contamination challenges in metagenomic datasets, as they leverage the wealth of metagenomic information that has been sequenced throughout the years
Lieu : Institut Pasteur
Rapporteurs/ Rapporteuses
| Personne | Qualité | Etablissement |
|---|---|---|
| M. Peterlongo Pierre | Directeur de recherche (HDR) | Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Univ. Rennes |
| M. Fernandez guerra Antonio | Directeur de recherche (HDR) | Geoscience- Centre de géosciences, PSL |
Composition du jury
| Personne | Qualité | Etablissement |
|---|---|---|
| Mme. Sokolovska Nataliya | Professeure des universités | Laboratory of Computational and Quantitative Biology, Sorbonne Université |
| M. Chikhi Rayan | Chargé de recherche (HDR) | Algorithmes pour les séquences biologiques, Sorbonne Université, CNRS |
| M. Richard Hugues | Maître de Conférences (HDR) | Laboratory of Computational and Quantitative Biology, Sorbonne Université |
| M. Peterlongo Pierre | Directeur de recherche (HDR) | Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Univ. Rennes |
| M. Fernandez guerra Antonio | Directeur de recherche (HDR) | Geoscience- Centre de géosciences, PSL |
| M. Vicedomini Riccardo | Chargé de recherche | Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Univ. Rennes |