Description
Date depot: 1 janvier 1900
Titre: Workflows Scientifiques basés sur le Contexte. Application en biologie
Directeur de thèse:
Patrick BRÉZILLON (LIP6)
Domaine scientifique: Sciences et technologies de l'information et de la communication
Thématique CNRS : Non defini
Resumé:
Le manque de flexibilité réduit fortement l’usage que l’on peut faire des systèmes de workflow scientifiques (SWF) dans la transformation d’hypothèse en découverts scientifiques. Malgré une vue de plus en plus large pour s’attaquer au problème du manque de flexibilité des systèmes de SWF, il n’existe pas de réelle méthodologie pour modéliser cette flexibilité de systèmes de SWF dans une représentation uniforme afin de pouvoir la prendre en compte effectivement d’une manière intégrée pour aider les scientifiques dans leur prise de décision. De plus, les systèmes de SWF existant reposent sur les données et informations disponibles, mais en l’absence d’un processus d’apprentissage centrée sur l’utilisateur afin de pouvoir capturer les demandes particulières des utilisateurs dans une situation particulière.
Une réelle utilisation de SWF demande l’introduction du concept de «contexte». En effet, les échecs actuels sont attribués à l’absence d’explicitation du contexte dans SWF, l’insuffisance dans la prise de décisions adaptatives, le mécanisme de partage incomplète SWF. Pour résoudre ces problèmes, nous proposons un cadre contextuel orientée pour Workflow scientifique (CoF4SWF) pour rendre explicite par des contextes graphes contextuels dans SWF cycle de vie. Nous mettons en œuvre une méthodologie CoF4SWF par un prototype fonctionnel appelé contexte orienté SWF (CxSWF). Par ailleurs, le prototype a été CxSWF témoigné grâce dans le domaine du «virtual screening» appliqué au virus H5N1. Enfin, les résultats du processus de double évaluation a démontré que les hypothèses initiales de l’application a été atteint en principe.
Les principales contributions de la thèse portent sur: (i) une méthodologie orientée contexte pour étudier la modélisation SWF; (ii) l’identification de trois approches pour rendre explicite le contexte dans la modélisation SWF; (iii) l’enquête sur le rôle des graphes contextuels dans SWF modélisation. Ce travail a permis de: (1) Représenter et modéliser la flexibilité des SWF dans leur contexte pour permettre une adaptabilité de la prise de décision dans les workflow scientifiques, (2) Faire du contexte le statut des connaissances dans un entrepôt de SWF pour l’apprentissage de pratiques, et (3) Partager le SWF et leur contexte d’exploitation comme complément d’une découverte scientifique.
Mots-clés: workflow scientifique; contexte; modélisation de contextes; gestion de contexts ; graphes contextuels; virtual screening; aide à la prise de décision; interaction homme-machine; l’apprentissage pratique.
Doctorant.e: Fan Xiaoliang