Description
Date depot: 1 janvier 1900
Titre: Optimisation de l'analyse de données de microscopie 3D pour le calcul haute performance
Directeur de thèse:
Thierry DELZESCAUX (CEA)
Domaine scientifique: Sciences et technologies de l'information et de la communication
Thématique CNRS : Non defini
Resumé:
La microscopie virtuelle offre la possibilité unique d’analyser des modèles biologiques à l’échelle cellulaire avec une
très grande diversité de marquages histologiques (cellulaires, pathologiques). La quantité d’information ainsi accessible sous forme
d’images est très importante et peut atteindre plusieurs centaines de gigaoctets voire plusieurs dizaines de téraoctets par étude.
De ce fait, l’analyse peut devenir extrêmement complexe à réaliser ce qui se traduit, en pratique, par une exploitation partielle et
très limitée de ces données. Au cours des dix dernières années, de nombreux développements en analyse d’image ont été réalisés
dans ce domaine au sein du laboratoire MIRCen et concernent la reconstruction 3D, la segmentation couleur ainsi que des
stratégies originales d’analyse statistique de groupes. Ces développements ont été réalisés jusqu’à présent sur des données
relativement peu volumineuses et sur des architectures informatiques de faible puissance (stations de travail locales ou cluster de
calcul de test).
L’objectif de ce travail de thèse sera d’adapter et d’optimiser cet environnement logiciel de traitement de l’information qui est
intégré dans le logiciel BrainVISA (http://brainvisa.info) afin de permettre son exploitation par calcul haute performance (CHP). Ces
développements s’inscrivent dans le cadre du projet 3D NeuroSecure impliquant plusieurs partenaires industriels et académiques
et au travers duquel une infrastructure CHP (réseau, stockage, calcul et visualisation) sera mise en place et exploitée pour
analyser des données de très grandes dimensions. Les données biologiques du projet concerneront des recherches menées pour
évaluer des approches thérapeutiques originales dans le cadre de la maladie d’Alzheimer en recherche préclinique.
Doctorant.e: Bouvier Clement