Projet de recherche doctoral numero :8057

Description

Date depot: 1 mars 2021
Titre: DEVELOPPEMENT D’ALGORITHMES D’IMAGERIE QUANTITATIVE DE SIGNAUX BIOLUMINESCENTS SUR DES SOURIS EN MOUVEMENT
Directeur de thèse: Jean-Christophe OLIVO-MARIN (Inria-Paris (ED-130))
Directrice de thèse: Elsa ANGELINI (LTCI (EDMH))
Domaine scientifique: Sciences et technologies de l'information et de la communication
Thématique CNRS : Non defini

Resumé: L’objectif de cette thèse est de concevoir et valider des algorithmes permettant de détecter de façon quantitative des signaux bioluminescents simultanément sur plusieurs souris non anesthésiées. Ce projet de thèse s’articule autour de trois axes : 1) développer des algorithmes pour corriger les signaux BLI 2D dynamiques issus d’un système d’imagerie de souris vigiles, et améliorer la localisation des signaux. La quantification de ces signaux est altérée par les différentes orientations de la souris par rapport au détecteur ou entre elles en cas de plusieurs animaux ; 2) développer des outils de segmentation et de suivi ("tracking") automatique et non supervisée de plusieurs animaux vigiles ; 3) test et validation des performances du système et des algorithmes. Il sera nécessaire de combiner une technique d’imagerie de surface 3D permettant d’extraire l’information quantitative du signal indépendamment de la position de l’animal avec une technique d’acquisition d’images des animaux vigiles. Pour cela, nous développerons des algorithmes qui s’appuieront sur les données issues de l’imagerie de surface 3D dynamique, sur une modélisation de la souris basée sur les modèles physiques , et sur la mise en correspondance de l’image optique et de l’image infra-rouge par Machine Learning pour suivre les variations temporelles de l’émission BLI.





Doctorant.e: Dereure Erwan